Фрагмент памятника «Тысячелетие России», Великий Новгород.
Идею «Мёртвых душ» подал А. С. Пушкин, сам узнавший её во время своей кишинёвской ссылки. Пушкину якобы рассказали, о чём свидетельствовал полковник Липранди, что в городе Бендеры, с момента присоединения к России, кроме военных никто не умирает. Дело в том, что в начале XIX века в Бессарабию бежало достаточно много крестьян из центральных губерний Российской империи. Полиция обязана была выявлять беглецов, но часто безуспешно — они принимали имена умерших. В результате в Бендерах в течение нескольких лет не было зарегистрировано ни одной смерти. Началось официальное расследование, выявившее, что имена умерших отдавались беглым крестьянам, не имевшим документов...
В начале работы Гоголь определял свой роман как комический и юмористический, но постепенно его замысел усложнился. Осенью 1836 года он писал Жуковскому: «Все начатое я переделал вновь, обдумал более весь план и теперь веду его спокойно, как летопись... Если я совершу это творение так, как нужно его совершить, то... какой огромный, какой оригинальный сюжет!.. Вся Русь явится в нем!» Так в ходе работы определился жанр произведения — поэма, и ее герой — вся Русь. В центре произведения стояла «личность» России во всем многообразии ее жизни.
После гибели Пушкина, явившейся для Гоголя тяжёлым ударом, работу над «Мёртвыми душами» писатель считал духовным заветом, выполнением воли великого поэта: «Я должен продолжать мною начатый большой труд, который писать с меня взял слово Пушкин, которого мысль есть его создание и который обратился для меня с этих пор в священное завещание».
В 1840 году в Италии Гоголь неоднократно переписывал текст поэмы, продолжая напряжённо работать над композицией и образами героев, лирическими отступлениями. Осенью 1841 года писатель вновь вернулся в Москву и прочитал друзьям остальные пять глав первой книги. На этот раз они заметили, что в поэме показаны только отрицательные стороны русской жизни. Прислушавшись к их мнению, Гоголь сделал важные вставки в уже переписанный том.
В 30-е годы, когда в сознании Гоголя наметился идейный перелом, он пришёл к выводу, что настоящий писатель должен не только выставлять на всеобщее обозрение все то, что омрачает и затемняет идеал, но и показывать этот идеал. Свою идею он решил воплотить в трех томах «Мёртвых душ». В первом томе, по его планам, должны были запечатлеться недостатки русской жизни, а во втором и третьем показаны пути воскресения «мёртвых душ». По словам самого писателя, первый том «Мёртвых душ» — лишь «крыльцо к обширному зданию», второй и третий тома — чистилище и возрождение. Но, к сожалению, писателю удалось воплотить только первую часть своей идеи.
В декабре 1841 года рукопись была готова к печати, но цензура запретила ее выпуск. Гоголь был подавлен и искал выход из создавшегося положения. Втайне от московских друзей, он обратился за помощью к Белинскому, который в это время приехал в Москву. Критик пообещал помочь Гоголю, и через несколько дней уехал в Петербург. Петербургские цензоры дали разрешение напечатать «Мёртвые души», но потребовали изменить название произведения на «Похождения Чичикова, или Мёртвые души». Таким образом они стремились отвлечь внимание читателя от общественных проблем и переключить его на похождения Чичикова.
«Повесть о капитане Копейкине», сюжетно связанную с поэмой и имеющую большое значение для раскрытия идейно-художественного смысла произведения, цензура категорически запретила. И Гоголь, дороживший ею и не жалевший от нее отказываться, был вынужден переработать сюжет. В первоначальном варианте вину за бедствия капитана Копейкина он возлагал на царского министра, равнодушного к судьбе простых людей. После переделки вся вина была приписана самому Копейкину.
11 июня 1842 года книга поступила в продажу и, по воспоминаниям современников, была раскуплена нарасхват. Читатели сразу же разделились на два лагеря — сторонники взглядов писателя и те, кто узнал в персонажах поэмы себя. Последние, главным образом, помещики и чиновники, сразу обрушились на писателя с нападками, а сама поэма оказалась в центре журнально-критической борьбы 40-х годов.
После выхода первого тома Гоголь полностью посвятил себя работе над вторым (начатым ещё в 1840 году). Каждая страница создавалась напряжённо и мучительно, все написанное казалось писателю далёким от совершенства. Летом 1845 года, во время обострившейся болезни, Гоголь сжёг рукопись этого тома. Позднее он объяснил свой поступок тем, что «пути и дороги» к идеалу, возрождению человеческого духа не получили достаточно правдивого и убедительного выражения. Гоголь мечтал переродить людей путём прямого наставления, но не смог — он так и не увидел идеальных «воскресших» людей. Однако его литературное начинание было позднее продолжено Достоевским и Толстым, которые смогли показать перерождение человека, воскресение его из той действительности, которую так ярко изобразил Гоголь.
Черновые рукописи четырёх глав второго тома (в неполном виде) были обнаружены при вскрытии бумаг писателя, опечатанных после его смерти. Вскрытие произвели 28 апреля 1852 года С. П. Шевырёв, граф А. П. Толстой и московский гражданский губернатор Иван Капнист (сын поэта и драматурга В. В. Капниста). Перебеливанием рукописей занимался Шевырёв, который также хлопотал об их издании. Списки второго тома распространились ещё до его издания. Впервые сохранившиеся главы второго тома «Мёртвых душ» были изданы в составе Полного собрания сочинений Гоголя летом 1855 года.